Vandløb og søer er vigtige rekreative områder, der kan anvendes til en række friluftsaktiviteter som fiskeri, bådsejlads m.v.
I retningslinjerne er der taget stilling til søer og vandløbenes anvendelsesmuligheder. Målene for selve vandkvaliteten for visse af søerne og vandløbene fremgår af de gældende vandplaner fra staten samt kommunens vandhandleplaner
Retningslinjerne vedrørende anvendelsen af vandområderne skal danne grundlag for behandling af ansøgninger om brug af vandområderne samt om nødvendigt udarbejdelse af ordensregler for vandområderne. Derudover er der nogle anbefalinger til søejere om at tage hensyn til naturværdier ved tilladelser til sejlads, fiskeri mv.
I retningslinjerne er der taget hensyn til, at visse vandområder i kommunen er omfattet af en særlig streng naturbeskyttelse, idet de er udpeget som en del af Europas vigtigste naturområder, de såkaldte "Natura 2000-områder". Det drejer sig om Buresø, Bastrup Sø og Vassingerødløbet/Hestetangsåen (øvre del af Mølleåen). Området rummer en række sjældne plante- og fuglearter og er derfor sårbart overfor for ureguleret færdsel, sejlads og fiskeri. For eksempel kan denne form for forstyrrelser medvirke til en lav bestand af rørhøg, da det mindsker forekomsten af tilstrækkeligt uforstyrrede egnede ynglelokaliteter.
Der er derfor indsat nogle anbefalinger om at tage hensyn til fuglenes ynglesæson (april-juni afhængig af arter) og kun i begrænset omfang tillade motoriseret sejlads. I den forbindelse anbefales det at anvende ikke-støjende elmotorer. Det er dog de enkelte søejere, der pt. bestemmer anvendelsen af søerne.
Fiskeri fra bred tillades ligeledes af de enkelte ejere, og i den forbindelse bør der også tages hensyn til naturværdier og være fokus på at mindske slid på bredarealerne m.v.
De statslige indsatsplaner for natur og de kommunale naturhandleplaner kan medføre restriktioner for anvendelsen af søerne, såfremt det medfører forringelser af de arter, som områderne er udpeget for. Se Naturplanerne under bilag.